As Assembleias Plenárias são reuniões em que participam os Ministros da Justiça e autoridades afins dos Estados membros da organização. Nelas são definidas as normas institucionais, as competências e a integração dos órgãos diretivos, bem como a responsabilidade e a aprovação dos documentos de trabalho, das recomendações e das linhas de trabalho em que a organização se deve concentrar nos dois anos seguintes.

Em 2006, a fim de reforçar as estruturas da Conferência, a XV Assembleia Plenária, realizada em Espanha, decidiu assinar um Acordo de Sede com Espanha, que entrou finalmente em vigor em novembro de 2007.

Com o mesmo objetivo, em junho de 2007, foi assinado o Acordo-Quadro de Cooperação entre a Secretaria-Geral Ibero-Americana (SEGIB) e a Conferência de Ministros da Justiça dos Países Ibero-Americanos (COMJIB) e foi elaborado o Regulamento Interno de Funcionamento, aprovado na XVI Conferência de Ministros da Justiça dos Países Ibero-Americanos, realizada em San José, Costa Rica, nos dias 18 e 19 de setembro de 2008. Desde a XV Assembleia Plenária, a Conferência tem desenvolvido linhas de trabalho relacionadas com os processos de reforma da justiça, o acesso à justiça, as novas tecnologias, a violência de género, a criminalidade organizada transnacional e a cooperação jurídica internacional.

Na 16ª Conferência de Ministros da Justiça dos Países Ibero-Americanos, realizada na Costa Rica, foi acordado, para além de continuar a trabalhar segundo as linhas previamente estabelecidas, trabalhar nos domínios da reforma da justiça; reforma penal e civil; reforço dos direitos dos indivíduos no processo judicial, da sua qualidade e transparência; reforma dos sistemas prisionais e políticas de combate à impunidade; reforço da segurança e da justiça.

Na XVII Conferência de Ministros da Justiça dos Países Ibero-Americanos, realizada no México, em outubro de 2010, e com o objetivo de promover e melhorar as políticas públicas de justiça no âmbito ibero-americano, foram aprovadas as seguintes linhas de trabalho: acesso à justiça; criminalidade organizada; novas tecnologias na administração da justiça (onde se inclui a utilização da videoconferência, o Portal Ibero-Americano de Justiça Eletrónica e o Tribunal de Papel Zero); e a reforma dos sistemas penitenciários.

Foi também aprovada a criação do Observatório Ibero-Americano de Justiça, que disponibilizará dados estatísticos e boas práticas sobre o estado da justiça na região. Apresentação do sistema de comunicação seguro da IberRed, denominado Iber@.

Em abril de 2013, realizou-se no Chile a XVIII Conferência Plenária, onde foram adoptados importantes acordos, como a Convenção Ibero-Americana sobre Equipas de Investigação Conjuntas, assinada por oito países. Na luta contra o crime organizado transnacional, foram adoptadas as Recomendações sobre a Corrupção no Comércio Internacional, as Recomendações sobre a Corrupção de Funcionários Públicos e as Bases para um instrumento internacional sobre o cibercrime. No domínio da reforma do sistema prisional, foram adoptados o Guia sobre o desenvolvimento de infra-estruturas, um programa sobre o género nas prisões e o Guia sobre pulseiras electrónicas.

Foram também tidos em conta os trabalhos desenvolvidos pelo Programa Ibero-Americano de Acesso à Justiça, nomeadamente o Plano Modelo de Acesso à Justiça e o Plano Integral de Implementação do Acesso à Justiça com Perspetiva de Género e Étnica.

A XIX Assembleia Plenária de Ministros teve lugar em maio de 2015 na República Dominicana, onde foram adoptados uma série de acordos e instrumentos jurídicos, tais como as Recomendações para a Harmonização da Legislação sobre Drogas, a Declaração Ibero-Americana sobre Justiça Juvenil Restaurativa e o Protocolo Regional para a Atenção às Vítimas de Violência de Género, entre outros. Foi também aprovada a Estratégia 2015-2017, que prevê a continuação do trabalho na luta contra a criminalidade organizada transnacional, a reforma dos sistemas prisionais, a modernização da administração da justiça, o acesso à justiça e a prevenção da criminalidade.

Durante a XX Assembleia Plenária de Ministros, realizada no Equador em abril de 2017, foi aprovada a Estratégia da COMJIB 2017-2029, mantendo as actuais linhas de trabalho: Luta contra o Crime Organizado, Reforma dos Sistemas Penitenciários, Modernização dos Sistemas de Justiça, Acesso à Justiça, Prevenção da Violência e Fortalecimento Institucional da COMJIB e da IberRed. Foi ainda aprovado o Plano Ibero-Americano de Modernização e Novas Tecnologias, bem como a criação da Comissão de Género da COMJIB.

Em julho de 2019, realizou-se na Colômbia a XXI Assembleia Plenária de Ministros, onde foi eleito por unanimidade o atual Secretário-Geral da COMJIB, Enrique Gil Botero.

Nesta reunião, foram acordadas as seguintes linhas de trabalho para o plano de trabalho 2020-2022: Acesso à justiça e sinergias com o Programa Ibero-Americano de Acesso à Justiça, liderado pelo Chile; Novas tecnologias aplicadas à administração da justiça, liderado por Portugal; Cooperação jurídica internacional e IberRed, liderado pela Espanha; Reforma dos sistemas penitenciários, liderado pela República Dominicana; e Equidade de género, liderado pela Colômbia e Cuba. Além disso, foi proposta a consideração de aspectos da luta contra a corrupção, quer de forma transversal a todas as linhas de trabalho, quer como uma linha independente.

Do ponto de vista organizacional, foram aprovados e actualizados os regulamentos fundamentais do Secretariado-Geral: Código de Ética, Regulamento de Funcionamento, Regulamento Financeiro e Regulamento dos PND.

A reunião serviu também de enquadramento para a assinatura do Tratado sobre a Transmissão Eletrónica de Pedidos de Cooperação Jurídica Internacional entre Autoridades Centrais (a seguir designado por “Tratado de Medellín”). Os primeiros países a assiná-lo foram a Argentina, o Brasil, a Colômbia, o Chile, a Espanha, o Paraguai, Portugal e o Uruguai.

Em fevereiro de 2021, o 50º aniversário da COMJIB foi celebrado na cidade de Barranquilla, na Colômbia, sob o lema “Um novo horizonte para a Justiça na Ibero-América”.

Durante esta celebração, foram revistos os principais resultados alcançados pela Conferência ao longo da sua história, como as seis Convenções e Tratados internacionais atualmente em vigor, dos quais a Secretaria-Geral da COMJIB é depositária; e foram analisados os desafios futuros do sistema de justiça ibero-americano no âmbito da Agenda 2030 das Nações Unidas para o Desenvolvimento Sustentável. Por fim, foi anunciada a iminente entrada em vigor do Tratado sobre a Transmissão Eletrónica de Pedidos de Cooperação Jurídica Internacional entre Autoridades Centrais, conhecido como Tratado de Medellín.

Em 21 de julho de 2022, a XXII Assembleia Plenária, co-organizada com a Bolívia, foi realizada virtualmente, com a participação de delegações de 20 Estados membros da COMJIB.

Nesta reunião, o Secretário-Geral da COMJIB, Enrique Gil Botero, apresentou os Relatórios de Gestão, Económico e Financeiro, bem como o estado dos Acordos Internacionais e informou sobre o seguimento dos mandatos da XXI Assembleia Plenária de Medellín e das Reuniões da Comissão de Delegados de 2020 e 2022. Os representantes dos 20 países, ministros e ministras da justiça e autoridades homólogas intervieram em seguida, contribuindo para a orientação dos trabalhos da COMJIB.

Em junho de 2023, realizou-se em Espanha a XXIII Assembleia Plenária da COMJIB, com a participação de delegações de Andorra, Argentina, Bolívia, Brasil, Chile, Colômbia, Cuba, Equador, Espanha, Honduras, Panamá, Paraguai, Peru, Portugal, República Dominicana e Uruguai.

Durante este evento, realizou-se a prestação de contas da Secretaria-Geral, promoveu-se a adoção de compromissos de política pública de justiça para a região e estabeleceram-se as prioridades estratégicas da Conferência para 2024-2025. Também foram realizadas as eleições dos órgãos diretivos e o atual Secretário Geral da COMJIB, Enrique Gil Botero, foi reeleito, por aclamação, para o período 2023-2027. Durante o evento foi também lançado o livro comemorativo dos 50 anos da constituição da organização.

Por último, foi acordado que a próxima XXIV Assembleia Plenária terá lugar em 2025, no Brasil.